Некоторые спелы такие как пламя феникса и "вампиризм фростморна" при изменении их и вставке героям после изучения не отображаются в спелах героя (да и любого юнита), как это исправить?

никак. Можешь добавлять спел-пустышку чтобы была иконка, один фиг это не активные заклинания.

сделать спелл пустушку на основе зметной ловкости ты её качаешь и добавляешь уже нужную тебе способность

Ну не обязательно змеиной ловкости можно ведь любую пассивку